좀더 살펴보니 캡쳐 타겟인 앱이 내부에서 복수의 D3D/OGL 스트림을 출력할경우 둘중 엉뚱한 스트림을 잡는 문제인거 같은데

(ex: 듀얼 스크린 기기의 에뮬레이터)

DeSmuME, Citra, Cemu 등의 앱을 천천히 테스트 해보시면 도움이 될거 같습니다.